flexについてもあまり詳しいことは分かっていないのだが
/usr/local/bin/flex
/usr/bin/flex
で異なるバージョンが入っていた。
hoge.lをmakeしているときに、unrecognized %option: bison-bridgeとエラーがでてきて
コンパイルできなかった。その場合/usr/local/bin/flexを指定して
コンパイルすることによって解決するかも
僕の場合はこんな感じで利用
cmake -DFLEX_EXECUTABLE:FILEPATH=/usr/local/bin/flex